Lại viện  

Lại viện là một trong Cửu viện Cửu Trùng Đài, có nhiệm vụ đề nghị thuyên bổ Chức sắc đi hành đạo ở các địa phương, lưu trữ và ban hành các luật lịnh của Hội Thánh, quản lý hồ sơ hành chánh của Chức sắc, tiếp nhận các văn thư của các Chức sắc ở các địa phương gởi về.

Đứng đầu Lại viện Cửu Trùng Đài nam phái là một vị Thượng Thống, phẩm Phối Sư phái Ngọc, có các vị Phụ Thống, Quản Văn phòng, các ban chuyên môn và thư ký giúp việc.

Lại viện chịu dưới hệ thống trực tiếp của Ngọc Chánh Phối Sư.

Cửu Trùng Đài nữ phái cũng có tổ chức Lại viện nữ phái, dưới quyền của Nữ Chánh Phối Sư, chỉ điều hành nữ phái mà thôi.

Cơ Quan Phước Thiện cũng có tổ chức Cửu Viện Phước Thiện nam nữ, và chỉ điều hành bên Phước Thiện mà thôi.